Journaliste au Matin de Paris dès 1977, puis grand reporter à L'Événement du Jeudi, Jean-Paul Kaufmann est enlevé à Beyrouth, Liban avec Michel Seurat le 22 mai 1985 et libéré trois ans plus tard, le 4 mai 1988. 

En 1994, il crée la revue L’Amateur de cigare. Écrivain, il a publié L’Arche des Kerguelen (Flammarion, 1993) ; La Chambre noire de Longwood (La Table Ronde, 1997) qui a reçu le Prix Fémina essai, le Prix Roger Nimier, le Grand Prix Lire-RTL, le Prix Jules Verne et le Prix Joseph Kessel ; La Lutte avec L’Ange (La Table Ronde, 2001) et 31, allées Damour - Raymond Guérin 1905-1955 (La Table ronde / Berg international, 2004).

En 2002, Jean-Paul Kauffmann reçoit le Prix de littérature Paul Morand remis par l’Académie française. 

Amateur de vins de Bordeaux il a publié plusieurs ouvrage sur ce sujet.

Il reçoit le Prix de la langue française 2009 pour l'ensemble de son œuvre.